 全所现有职工207人，中科院院士1人。其中科技人员166人，研究员15人，副研究员、高级工程师37人，中级科技人员65人，设有1个博士和3个硕士的学位授予点。现有博士研究生70人，硕士研究生77人。1996年被批准建立博士后工作站。 现设立了系统动物学研究室、遗传与进化研究室、灵长类生物学研究室、动物毒素研究室、保护生物学中心、中国科学院典型培养物保藏委员会昆明细胞库等6个研究机构，有中国科学院“细胞与分子进化研究重点实验室”1个、中国科学院与云南省共建的“动物生殖生物学重点实验室”和“畜禽分子生物学重点实验室”2个，中国科学院-马普青年科学家小组2个。动物标本馆珍藏各类动物标本56万号......
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