 该所前身为1961年在中国科学院新疆分院生物室、地理室、土壤室和中国科学院新疆综合考察队、治沙队、高山冰雪利用研究队留新疆人员基础上建立的新疆水土生物资源综合研究所。1965年，综合所分为新疆生物土壤研究所和新疆地质地理研究所。1978年两所更名为新疆生物土壤沙漠研究所和新疆地理所。1998年7月7日，根据中国科学院党组关于结构性调整的战略部署和建设国家创新体系的战略决策要求，两所联合重组为新疆生态与地理研究所。该所拥有一个国家及中国科学院重点野外开放站——阜康荒漠生态系统观测试验站，一个自治区级重点实验室——新疆遥感与地理信息系统应用实验室，一个自治区级工程中心——荒漠绿洲生态建设工程技术研......
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