 中国科学院寒区旱区环境与工程研究所是按照中国科学院“知识创新工程试点”工作的战略部局要求，由中国科学院原兰州冰川冻土研究所、兰州沙漠研究所和兰州高原大气物理研究所通过学科定位、机构调整、研究领域交叉融合，在保留原有的特色学科基础上，凝练出优势研究方向，于一九九九年六月整合而成。
寒区旱区环境与工程研究所从国家目标和长远发展战略布局出发，重组与建设7个研究室，全面突出干旱、沙漠、高寒区资源生态环境与可持续发展研究特色。它们是：⑴冰冻圈与全球变化研究室；⑵沙漠与沙漠化研究室；⑶高原大气物理研究室；⑷冻土与寒区工程研究室；⑸水土资源研究室；⑹生态与农业研究室。(7)遥感与地理信息研究室。
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